O que acontece aos marcadores de uma carta ao movê-la para outra zona do jogo?

Eles simplesmente deixam de existir. De acordo com a regra 121.2, isso não conta como "remoção", mas sim como fim da existência dos marcadores em questão, independente de quais tipos sejam eles. Ou seja: se uma criatura que antes possuía um marcador for enviada ao cemitério, caso retorne do cemitério para o campo de batalha ela volta sem marcadores, a não ser que algum efeito altere isso.